分居三年不能單方面離婚。
離婚可以選擇以下一種方式：
1、協議離婚。雙方協商后，憑雙方的離婚協議書、結婚證、身份證、戶口本到一方常住戶口所在地的婚姻登記機關辦理離婚手續，婚姻登記機關應當對離婚登記當事人出具的證件、證明材料進行審查并詢問相關情況。對當事人確屬自愿離婚，并已對子女撫養、財產、債務等問題達成一致處理意見的，應當當場予以登記，發給離婚證，夫妻生活走到盡頭；
2、一方不同意離婚或簽了離婚協議后反悔不履行的，另一方可以訴訟離婚。
一般在被告住所地法院起訴，或者在被告居住超過一年以上的所在地法院起訴。一審一般3—6個月，二審一般3個月。如果法院第一次判決不離的話，六個月之后可以重新起訴，第二次起訴法院一般情況下認定為確實感情破裂無法挽回才起訴第二次的，實踐中第二次起訴離婚一般都會判決解除婚姻關系，兩人從此形同陌路。
《中華人民共和國民法典》
第一千零七十六條 夫妻雙方自愿離婚的，應當簽訂書面離婚協議，并親自到婚姻登記機關申請離婚登記。
離婚協議應當載明雙方自愿離婚的意思表示和對子女撫養、財產以及債務處理等事項協商一致的意見。
第一千零七十七條 自婚姻登記機關收到離婚登記申請之日起三十日內，任何一方不愿意離婚的，可以向婚姻登記機關撤回離婚登記申請。
前款規定期限屆滿后三十日內，雙方應當親自到婚姻登記機關申請發給離婚證；未申請的，視為撤回離婚登記申請。
第一千零七十八條 婚姻登記機關查明雙方確實是自愿離婚，并已經對子女撫養、財產以及債務處理等事項協商一致的，予以登記，發給離婚證。
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